| 平成11年 | 4月 | 大久保南小学校開校（16学級 486名） |
| 初代校長 奥野 巖 着任 | ||
| 6月 | ブックママ発足 | |
| 7月 | プール竣工記念式典 | |
| 9月 | 屋内運動場完成 | |
| 11月 | 開校記念式典・開校記念祭り（第1回南っ子フェスティバル） | |
| 11月 | ヨーロッパ等の教師団受入 | |
| 平成12年 | 9月 | 海外教員招聘事業・韓国教師団受入 |
| 11月 | 兵庫県小学校国語研究会中央大会東播磨大会研究発表 | |
| 平成13年 | 3月 | ひょうご花と緑のコンクール最優秀賞受賞 |
| 3月 | 西校舎増築着工 | |
| 9月 | 兵庫県合同防災訓練（学校とゆりのき通を中心に） | |
| 平成14年 | 3月 | 西校舎竣工式 |
| 4月 | 第2代校長 津崎 史郎 着任（25学級 804名） | |
| 4月 | スポーツクラブ21大久保南開設 | |
| 5月 | 国際理解教育（AET）の導入 | |
| 平成15年 | 3月 | 中庭完成 |
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| 12月 | 有森裕子（オリンピックマラソンランナー）氏を招いての講演 | |
| 平成16年 | 10月 | ソウルフィルハーモニー演奏会 |
| 平成17年 | 2月 | オープンスクール実施 |
| 4月 | 第3代校長 上田 正憲 着任（32学級 1074名） | |
| 平成18年 | 1月 | 集団登校開始 |
| 2月 | スクールガード大久保南発足 | |
| 平成19年 | 3月 | プレハブ教室増築 （第1音楽室・第2音楽室・PTA会議室として利用） |
| 4月 | 第4代校長 藤原 正紀 着任（37学級 1177名） | |
| 県教育委員会食育実践校（栄養教諭配置モデル校） | ||
| 平成20年 | 11月 | 道徳・人権教育研究発表会（明石市教育委員会指定） |
| 平成21年 | 1月 | 創立10周年記念和楽器コンサート |
| 2月 | 創立10周年記念式典・南っ子フェスティバル | |
| 4月 | 第5代校長 原 祥一 着任（37学級 1205名） | |
| 5月 | 新型インフルエンザのため学校閉鎖 | |
| 平成22年 | 6月 | 図書室クーラー設置 |
| 11月 | 兵庫県警明石サポートセンター講演会 | |
| 平成23年 | 2月 | 「あかし夢こころ」教育プログラム実施 |
| 4月 | 第6代校長 伊與田 賀弘 着任（37学級 1137名） |